NGUI2.6.1が公開されてから何度か小アップデートされていますが、
最新の2.6.1dにて、ダイナミックフォントを使った場合でも独自のマテリアルが使えるように対応されていました。
独自のマテリアルについての注意点としては、ダイナミックフォントのテクスチャはAlpha 8になるため、Alpha 8対応のシェーダを使う必要がある。くらいでしょうか。
NGUI付属のシェーダーでは、Unlit/Dynamic FontがAlpha 8フォントテクスチャ対応になっています。
※あと、NGUIに独自のシェーダーを使うお約束として、UIPanelのClippingの関係で、シェーダー名にプラスして(Alpha Clip)、(Soft Clip)というクリッピング対応シェーダーも用意する必要があったりしますが。これはまた機会があればまとめてみようと思います。
公式フォーラムも盛んですし、NGUIの使い勝手はますます良くなっていきますね。
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